Molekulárno-genetické vyšetrenie mikrobiómu čreva zo stolice

Z analýzy vzorky získame prvotné informácie o stolici ako je farba, konzistencia a PH.  Ďalej analýzou zisťujeme nielen na mikrobióm ale aj bakterióm, prítomnosť kvasiniek a patogénnych bakteriálnych (škodlivých) kmeňov v stolici.

V analýze skúmame:

1. Biodiverzitu: hodnotenie intestinálnej diverzity. Rozmanité úlohy črevnej mikrobioty si vyžadujú primeranú diverzitu, čiže rozmanitosť. V mikrobióme zdravého človeka sa nachádza približne 2000 druhov baktérií, v chorom čreve je to oveľa menej. Príčiny zníženej diverzity sú rôzne. Najčastejšie ide o opakované užívanie antibiotík, časté infekcie, zlá životospráva- fajčenie, alkohol, nevyvážená strava ale aj vekom sa diverzita čreva u človeka mení a znižuje. Taktiež je vedecky dokázané, že choroby ako obezita, stukovatená pečeň, cukrovka 2. typu, chronické zápalové ochorenia čriev, syndróm dráždivého hrubého čreva, rakovina čreva ale aj Alzheimerová chorba znižujú diverzitu črevnej mikrobioty.
2. Stanovenie enterotypu: mikrobióm sa podľa najnovších štúdií rozdeľuje do troch skupín- takzvaných enterotypov.
   • Enterotyp 1: sa vyznačuje vysokým počtom bakteriodov
   • Enterotyp 2: silnou populáciou Prevotella
   • Enterotyp 3: vyskytuje sa veľmi zriedkavo, zhruba iba u 5% analýz. Vyznačuje sa silným zastúpením Ruminococcus
     
     Každý z enterotypov má odlišnú metabolickú výkonnosť. Mikrobióm s prevahou enterotypu 1 sa vyskytuje najmä u osôb, ktoré pravidelne konzumujú mäso, je optimálne prispôsobený využitiu tukov, bielkovín, mastných kyselín a aminokyselín.
3. Index dyzbiózy
4. Frekvencia výskytu najdôležitejších kmeňov
5. Metabolóm (funkčné skupiny)
   • žlčové kyseliny
   • trimetylamín (TMA)
   • indoxylsulfát
   • fenol
   • amoniak
   • histamín
   • equol
   • Beta glukuronidázy
6. Actinobacteria
7. Bacteroidetes
8. Firmicutes
9. Tvorba butyrátu a mastných kyselín s krátkym reťazcom
10. Hodnotenie výskytu Klostrídií 
11. Fusobacterium spp.
12. Dialister invisus
13. Proteobaktérie
14. Stanovenie patogénnych alebo potencionálne patogénnych baktérií
15. Archeóny
16. Bakteriálne skupiny relevantné pre sliznicu
    • Sírovodík
    • Oxalobacter formigenes
    • Escherichia coli, entorokoky, imunitný systém slizníc
    • Tvorba mucínu a mukózna bariéra
17. Mykologická analýza stolice
18. Doplnkové parametre
    • Slizničná imunita- sekrečný imunoglobulín A
    • Hladina kalprotektínu

Sekvenčná analýza je vykonávaná v laboratóriu v Nemecku.